陣容系統是《戰國陰陽師》的核心特色之一，由陣容組合、緣分關系與小夥伴助陣三部分組成，玩家們在陣容系統中可以任意組合上陣角色、助陣角色或是查看當前人物與裝備的配對緣分，來制定專屬於自己的戰鬥風格。
 

緣分體系在《戰國陰陽師》中，角色與套裝都有著不同的緣分關系，玩家們可以通過曆練模式、秘境模式以及遊戲活動等多種方式獲得。

遊戲中的緣分體系分為“角色與角色”“角色與裝備”“角色與書籍”三類，不同的緣分將關系將影響著玩家們的戰鬥體驗。

陣容組合陣容組合是陣容系統的核心玩法，玩家們通過陣容組合可以將多個不同的角色同時上陣，形成專屬於自己的戰鬥組合。由於《戰國陰陽師》真實的還原了動漫原著中不同人物的情感羈絆，因此，不同的陣容組合將因不同的人物緣分，產生不同的戰鬥效果。

陣容組合與緣分體系的相互影響將動漫原著中不同人物的情感羈絆完美重現，讓玩家們的體驗之旅更加貼近原著劇情。

透過小夥伴功能，玩家們可以選擇未上陣的角色進行助陣，陣位上的角色將依據與上陣人物的不同親密度產生不同的屬性加成，大幅度提升戰鬥勝率。